黄冈市港航管理局、黄冈市地方海事局实行一门两牌，一套班子，合署办公。根据《中华人民共和国海上交通安全法》、《中华人民共和国水污染防治法》、《中华人民共和国水路运输管理条例》、《中华人民共和国内河安全管理条例》、《中华人民共和国航道管理条例》、《中华人民共和国船舶和海上设施检验条例》、《中华人民共和国船舶登记条例》和《湖北省水路交通管理条例》、《湖北省港口管理办法》等法律、法规和规章；是对内河交通安全实施统一监督管理的主管机关，也是地方交通主管部门设置的港航管理机构。负责对全市航运、航政、航道、港口实行统一管理，并负责港口规划和岸线审批、港口建设和公共设施维护，港口经营市场、港口规费征收管理。
　　 长江是流经黄冈的重要水路交通干线，西自团风县鹅公颈举水入江处入境，东至黄梅县段窑村出境，流经团风、黄州、浠水、蕲春、武穴、黄梅六个县市区，境内有“六大支流水系”（倒水、举水、巴水、浠水、蕲水、华阳河水系湖北段），“六大湖泊”（赤东湖、赤西湖、太白湖、尤感湖、大原湖、武山湖），13座大型水库（金河水库、浮桥河水库、三河口水库、大坳水库、明山水库、天堂水库、牛车河水库、白莲河水库、大同水库、花园水库、考田水库、百角水库、龙坪水库），共有通航里程720.8公里，其中：长江干流 199公里，支流521.8公里。全市有万吨级以上港口27个，其中长江港口20个，内湖港口7个，拥有码头226个，泊位235个，码头最大靠泊能力为5000吨级。
　　 全市共有持证船舶1244艘，205655总吨，96870净吨，其中：运输船舶1143艘，187031总吨，87708净吨，7276个客位，非运输船舶101艘，18624总吨，9162净吨。持证船员3703人。
　　 市局机关内设9个职能科室，即政工科，计财科、运输科（含科技科）、审计科、港航科、航政安全科、船检科、监督管理科、办公室，1个局直港航工程处。在职干部职工178人。
　　 全市港航、海事系统下设团风、黄州、浠水、蕲春、武穴、黄梅6个港航管理所、地方海事处；红安、麻城、罗田、英山四县市各设一名港航监督员。
　　 近两年来，黄冈市港航局、黄冈市地方海事局坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，加强学习讲政治，转变作风谋发展，按照狠抓“三基”（基层工作、基本队伍、基础设施建设），开发“三水”（巴水、浠水、蕲水），取缔“三无”（无船名船号、无船籍港、无船舶证书）的工作思路，扎实工作，克难奋进，全面完成了各项目标任务，取得了可喜的成绩。2000年荣获市委、市政府市直驻农村现代化建设先进单位，全省港航系统财务管理规费征收先进单位、审计工作先进单位、市直最佳文明单位。2001年荣获市委、市政府对口帮扶先进单位、城区“四园六村”建设先进单位，湖北省安全生产委员会授予“安全管理先进单位”、全省港航系统先进单位，市委宣传部、市文明办评为“做文明市民、创文明城市”先进单位，市交通局党组评为先进基层党组织。2002年被市委、市政府授予黄冈市级文明单位称号。
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